本院移植手術包含心臟，腎臟、肝臟與眼角膜移植外，更在2012年成為全台第一家經衛生福利部（當時為衛生署）核定能夠執行小腸移植手術的醫學中心，這也確立本院在國內移植醫學領域的領導地位，本院肝臟移植團隊於2011年起對越南最大的外科醫學中心VietDec Hospital進行活體肝臟移植的技術指導。

目前亞東醫院可進行的器官移植項目

• 眼角膜摘取與移植手術（1997年8月行政院衛生署核定）
• 心臟摘取與移植手術（2000年8月行政院衛生署核定）
• 屍體腎臟摘取與移植手術（2001年8月行政院衛生署核定）
• 自體骨髓移植移植手術（2004年4月行政院衛生署核定）
• 屍體肝臟摘取與移植手術（2009年2月行政院衛生署核定）
• 活體肝臟移植手術（2010年8月行政院衛生署核定）
• 小腸移植手術（2012年11月行政院衛生署核定）