創內視鏡手術具有傷口小、疼痛少、感染低、復原快、無明顯疤痕等好處，亞東醫院應用於膽囊、盲腸、甲狀腺切除、隱靜脈摘取、下鼻甲肥厚、迷你腹腔鏡總膽管切開結石、腎上腺切除及迷走神經切除、摘除膽囊、肝癌切除、腸沾黏分離等手術，技術純熟，迷你腹腔鏡切除闌尾、內視鏡鼠蹊疝氣兩病例居於全國前二名。

為配合本院核心專長，本科積極發展內視鏡微創手術肝、膽、胃腸腫瘤手術及器官移植。尤其腹部急症及消化道腫瘤的腹腔鏡手術治療等，是本科特色，目前每年完成五千例以上的手術，其中包括各種腹腔鏡手術約一千四百例，為台灣最活躍的微創手術中心之一。

爲進一步提供病患更好的醫療品質，自2010年引進達文西機器人手臂，已經進行超過600件手術案例，並完成多項全程採用達文西機器手臂的台灣首例術式，將微創手術技術發揮至極致。